Formiranje grada Tomska počelo je davne 1604. godine izgradnjom tvrđave u blizini rijeke Tom. Sam Boris Godunov blagoslovio je izgradnju novog grada i poslao sliku Presvetog Trojstva u čast toga. U središtu budućeg grada Tomska započela je izgradnja nove crkve. I od tog trenutka počinje rasti i razvijati se pravoslavni život građana. U Tomsku se grade brojni hramovi, kapele i crkve.
Crkva Presvetog Trojstva
Više od 150 godina, posvećena zgrada Trojice stoji na brdu Voskresenskaya. Podignut je i osvijetljen 1844.
Teških četrdesetih godina prošlog stoljeća, stražnje crkve su se prenosile iz ruke u ruku. Tu je najprije 1939. godine bila smještena garaža, a nešto kasnije pekara lokalne pekare. Nakon završetka rata, 1945. godine, hram je vraćen vjernicima, a u veljači 1946. crkva je ponovno posvećena. Radovi na obnovi u crkvi Trojstva u Tomsku izvedeni su o trošku župljana. Crkva djeluje do danas, radiNedjeljna škola i knjižnica.
Crkva Uskrsnuća
Među crkvama u Tomsku, ova je jedna od najstarijih. Praktički je iste dobi kao i grad. U početku je drvena crkva sagrađena na području samostana 1644. godine. Godine 1789. postavljen je temelj nove crkve na kat. Po završetku izgradnje nove zgrade, stara drvena crkva je po pravoslavnom običaju spaljena i razbacana na vjetar. Kao i mnoge crkve u Tomsku, u drugoj polovici 30-ih godina prošlog stoljeća hram je zatvoren, a tek 1995. ponovno je posvećen i pravoslavni vjernici su ponovno mogli prisustvovati bogosluženjima.
Znamenskaya crkva
Crkva je dobila ime po ikoni Majke Božje "Znak". U početku je to bio jednostavan drveni hram sagrađen u 17. stoljeću. Gradnja kamenog hrama započela je 1784. godine o trošku plemstva Kačalova, potomaka Ivana Kačalova, koji se smatra utemeljiteljem crkve. Godine 1935. crkva je uništena i obnovljena tek 1992. godine o trošku župljana.
Crkva Petra i Pavla
Na jednom od brežuljaka koji se spuštaju u poplavnu ravnicu rijeke Ushaika, mještanima poznatom kao Mukhin Hilllock, nekada su bili križ i kapelica. Kasnije je na ovom mjestu podignuta katedrala Petra i Pavla. Crkva je posvećena 1911. godine. 1938. godine službe su obustavljene, a na području crkve nalazilo se skladište destilerije. No, već 1945. crkva se vratila svojoj uobičajenoj rutini. Crkva Petra i Pavla jedna je od rijetkih crkava u Tomsku koja je nastavila primati župljane u razdoblju od 50-ih do 90-ih godinagodine XX. stoljeća.
Kućna crkva u ime sv. Nikole Čudotvorca
Početkom 90-ih godina, na bazi psihijatrijske bolnice, izgrađena je i osvijetljena jedna od crkava u gradu Tomsku, nazvana po sv. Nikoli Čudotvorcu. U početku je izgrađen prema određenom konceptu, naime, interakciji duhovnih snaga Gospodinovih i ljekovitih sredstava medicine u pomoći duševno bolesnima. No, ideološka strana izgubljena je 1920. godine kada je crkva zatvorena. Krajem 1990-ih ponovno se pojavila ideja o otvaranju crkve u bolnici. Od 2003. godine ovdje su započeli restauratorski radovi. Trenutno na službu sa zadovoljstvom dolaze vjernici iz reda bolesnika i medicinskog osoblja.
Crkva Svetog Sergeja Radonješkog
Ovo je najmlađa crkva u Tomsku. Utemeljitelj crkve je G. I. Trigorlov, direktor postrojenja za impregnaciju pragova. Ugledavši jednu od kapelica u Jaroslavlju, toliko se oduševio njenom bojom da je krenuo u izgradnju iste crkve u svom rodnom gradu. Prema osobnom projektu G. I. Trigorlova, hram je izgrađen i posvećen 1997.
Katedrala Bogojavljenja
U početku, 1630. godine, to je bila mala crkva Bogojavljenja. Status katedrale dobila je mnogo kasnije. Drvena crkva je često stradala od požara, ali je svaki put obnavljana. Godine 1777. odlučeno je da se na mjestu stare drvene zgrade sagradi moderna kamena zgrada. 30-ih godina hram je zatvoren, a unutar njegovih zidina nalazila se tvornica cipela. Zgrada je vraćena u posjed 1997. godine. Ruske pravoslavne crkve i započeo rad na njenoj obnovi.